Инициатива создания АНА была заложена постановлением Верховного Совета Республики Абхазия, подписанным Владиславом Ардзинба. Однако из-за тяжёлых экономических условий того времени реализация проекта была отложена на три года.

Ключевым моментом стал Указ Президента Владислава Ардзинба от 6 марта 1997 года, который определил меры по финансовому обеспечению учреждения Академии. Создание этого высшего самоуправляемого научного центра стало прямым подтверждением реформаторской политики Ардзинба и его стратегического видения. Он, будучи выходцем из научной среды, хорошо понимал ценность научного знания и стремился сохранить и укрепить независимость государства.

Учредительное собрание, на котором избрали первый состав Академии Наук Абхазии, состоялось 30 октября 1997 года. С тех пор именно эта дата стала официальным Днем науки республики.

Значение научного потенциала для государства отметил президент Бадра Гунба в своем поздравлении, которое зачитал вице-премьер Джансух Нанба, в котором, в частности, сказано:

«В Абхазии ещё с советских времён работают сильные исследовательские институты, где трудились выдающиеся учёные. Их профессионализм и преданность делу служат примером для новых поколений.

Наука всегда была основой развития государства и гарантом его суверенитета. Сегодня научные коллективы активно работают над сохранением и изучением языка, истории, культуры и экономики страны.

В День науки выражаю благодарность всем учёным за их труд и открытия, которые являются залогом благополучия Абхазии».